A criação do território e as primeiras restauraçõesTerritório Federal do Amapá foi criado por Decreto-Lei em 1943, entre outras razões, atendendo a considerações estratégicas durante a Segunda Guerra Mundial (1939-1945). Com o fim do conflito foram priorizados os aspectos de desenvolvimento econômico e de infra-estrutura da região.
Para a antiga fortaleza, esse desenvolvimento chegou a partir de 1946, quando nela foi instalado o Comando da Guarda Territorial, responsável pelo policiamento público. Para esse fim, foram iniciadas obras de recuperação do imóvel, compreendendo inicialmente a capina interna e externa, a retirada dos arbustos nascidos entre as pedras das muralhas e o
Para a antiga fortaleza, esse desenvolvimento chegou a partir de 1946, quando nela foi instalado o Comando da Guarda Territorial, responsável pelo policiamento público. Para esse fim, foram iniciadas obras de recuperação do imóvel, compreendendo inicialmente a capina interna e externa, a retirada dos arbustos nascidos entre as pedras das muralhas e o corte das árvores que se desenvolveram nos terraplenos, e que acarretaram sérios danos estruturais. Em paralelo procedeu-se a reconstrução dos telhados da Casa do Órgão e de mais quatro prédios, assim como a confecção das respectivas portas, janelas e portões em madeira. Foram reutilizadas, para esse fim, ferragens originais como dobradiças, ferrolhos e cravos, recuperados dos escombros. Substituíram-se tijoleiras degradadas dos pisos, muretas e rampas de acesso, bem como foram desobstruídos os canais de drenagem de águas pluviais. Confeccionaram-se carretas de madeira como reparos para os antigos canhões remanescentes.